今季より指揮を執る石丸清隆監督の下、愛媛FCは５日から恒例の鹿児島キャンプに臨んでいる。近年、夏場に失速を繰り返している反省から、ここまでのトレーニングでは走り込みを重視。また決して選手層が厚くないことを踏まえて、複数のポジションを経験させるなど新指揮官のカラーが出つつある。二宮清純の携帯サイト「二宮清純.com」、スマートフォンサイト「ニノスポ」ではのコーナーを設け、選手の声を定期的に配信してきた。2013シーズンはFW石井謙伍選手がコーナーを担当し、自身のことやチーム内の様子を語ってもらう予定だ。
2013年のＪリーグの試合日程が１日、発表された。 Ｊ２の愛媛FCは既に発表されたように、６年連続ホームでの開幕。３月３日（15時30分キックオフ）にモンテディオ山形と対戦する。徳島ヴォルティスとの四国ダービー初戦は第10節（４月21日、16時キックオフ）にアウェイで行われる。Ｊ２に初めて降格したガンバ大阪とは第16節（５月26日、19時30分キックオフ）にホームで激突し、新規参入クラブ、Ｖ・ファーレン長崎との初顔合わせは第11節（４月29日、14時キックオフ）に組まれた。昨季からＪ２は原則として日曜開催となっているが、コンフェデレーションズ杯（ブラジル）に日本代表が参加するため、Ｊ１のリーグ戦が中断する６月は土曜に試合が行われる。
2013年のＪリーグ各クラブのホーム開幕カードが22日、発表され、Ｊ２の愛媛FCは第１節で３月３日（日）にモンテディオ山形とニンジニアスタジアムで対戦することが決まった。愛媛にとっては６年連続のホーム開幕で、Ｊ昇格以来ホームでの第１節は５勝１敗と好成績を残している。山形は昨季、終盤に失速して10位だったが、一昨年まではＪ１で戦ってきたクラブ。過去の戦績も１勝８敗４分と圧倒されており、石丸清隆新監督の初陣は難敵を迎えるかたちとなった。
Ｊ８年目のシーズンに臨む愛媛FCの2013年の新体制がほぼまとまった。クラブOBの石丸清隆新監督率いる今季だが、昨季のキャプテンMF前野貴徳が鹿島アントラーズへ、DF内田健太が清水エスパルスへ、ボランチの田森大己が京都サンガF.C.へとそれぞれ完全移籍。昨季のクラブ得点王、FW有田光希が期限付き移籍期間満了でヴィッセル神戸に戻るなど主力選手が大きく入れ替わる。
愛媛FCは10日、今季限りで事実上の解任となったイヴィッツア・バルバリッチ監督の後任に、石丸清隆ユース監督が昇格すると発表した。石丸新監督は2005年のシーズン途中から約１年半、愛媛でプレーしており、引退後もトップチームコーチ、ユース監督を務めてきた。過去最高の９位以上を目標に置く来季は、クラブを熟知した人物に舵とりを託すかたちになる。
愛媛FCは16日、６選手と来季の契約を更新しないことを発表した。今季限りでチームを去るのはFW福田健二、GK川北裕介の両ベテランに加え、今季序盤に活躍したMF大山俊輔、５年目のDF高杉亮太、地元出身のFW小笠原侑生、MF越智亮介。98年にJ1の名古屋でリーグ戦16ゴールをあげるなど活躍した福田は、その後、海外を渡り歩き、2009年10月に故郷のクラブである愛媛へ。世界を知るゴールハンターとして大いに期待を集めた。１年目の10年こそ７ゴールをあげたが、昨季は１ゴール、今季は無得点に終わり、出場機会が減っていた。またＪ昇格１年目から在籍し、正GKだった川北も今季は出場がなかった。
愛媛FCは14日、イヴィッツア・バルバリッチ監督の退任を発表した。後任は未定。クロアチア出身のバルバリッチ監督は2009年９月、前任の望月一仁監督の解任に伴い、シーズン途中に就任。今季が４年目のシーズンだった。クラブは今季、プレーオフ進出圏内の６位以上を目標に掲げていたものの、後半戦に入って勝てない試合が続き、12勝14分16敗の勝ち点50で16位に終わった。10月末には息子の容態が思わしくないため、帰国しており、青野慎也コーチが監督代行を務めていた。実際の契約は来季までだったため、事実上の解任となる。
◇11月11日 熊本県民総合運動公園陸上競技場 9,688人 [愛媛] 藤直也（90＋３分）
◇11月４日 ニンジニアスタジアム 6,491人 [愛媛] 前野貴徳（40分）、有田光希（55分）、石井謙伍（75分） [草津] 熊林親吾（49分）
◇10月28日 ニンジニアスタジアム 3,380人
◇10月21日 町田市立陸上競技場 2,883人 ［町田］ 太田康介（18分、75分） ［愛媛］ 加藤大（４分、59分）、有田光希（13分）、伊東俊（84分）
◇10月14日 ニンジニアスタジアム 3,865人
◇10月７日 Shonan BMWスタジアム平塚 5,938人
◇９月30日 ニンジニアスタジアム 2,792人 ［愛媛］ 有田光希（64分、90＋５分） ［千葉］ 荒田智之（11分）、兵働昭弘（69分）
◇９月23日 ニンジニアスタジアム 3,769人 ［愛媛］ 石井謙伍（40分）
◇９月17日 駒沢オリンピック公園総合運動場陸上競技場 3,893人 ［東京Ｖ］ 阿部拓馬（26分）、西紀寛（38分）、アレックス（69分）
◇９月14日 ニンジニアスタジアム 3,015人 ［横浜］ 大久保哲哉（65分）
２回戦 ◇９月８日 Shonan BMWスタジアム平塚 1,478人 ［湘南］ 大槻周平（48分）
◇９月２日 富山県総合運動公園陸上競技場 3,543人 ［富山］ 苔口卓也（80分）
予想外の大失速だ。 今季の愛媛FCはクロアチア人の司令塔アンテ・トミッチや、若きストライカーの有田光希らを補強し、プレーオフ出場圏内の「６位以上」を目標にシーズンをスタートした。前半の21試合は湘南ベルマーレや東京ヴェルディといった強豪を下すなど８勝７分６敗と勝ち越し。目標の６位までは勝ち点６差と好位置につけていた。しかし、後半戦に入った途端に全く勝てなくなり、10試合連続で未勝利（３分７敗）が続いている。順位も18位にまで沈み、プレーオフ進出は絶望的な情勢だ。なぜ気温の上昇に反比例するようにチーム状態が下降してしまったのか。イヴィッツア・バルバリッチ監督を直撃した。
◇８月26日 ニンジニアスタジアム 3,109人
◇８月22日 栃木県グリーンスタジアム 2,820人 ［栃木］ 廣瀬浩二（50分）
◇８月19日 ニンジニアスタジアム 3,457人 ［愛媛］ 有田光希（37分） ［山形］ ブランキーニョ（66分、79分）
◇８月12日 ニンジニアスタジアム 6,612人 ［愛媛］ 有田光希（67分） ［徳島］ 津田知宏（39分）、橋内優也（72分）
◇８月５日 松本平広域公園総合球技場 10,642人 ［松本］ 久富賢（80分） ［愛媛］ 内田健太（34分）
