28日、Ｊリーグは事務局で会見し、来季から導入される「Ｊリーグクラブライセンス制度」に基づくライセンス交付の決定を発表した。申請していたＪ１、Ｊ２、JFLの41クラブすべてにクラブライセンスが交付されることになった。内訳はＪ１クラブライセンスが33クラブ、残る８クラブはＪ２クラブライセンスを取得した。
「Ｊリーグクラブライセンス制度」は、Ｊ１とＪ２のライセンスに分かれている。それぞれのライセンス内容は、順位等の要件を満たしていれば、当該ディヴィジョンに残留または昇格できるものである。そのため、Ｊ２に所属するクラブがＪ２ライセンスしか取得できなかった場合は、順位等の要件をクリアしてもＪ１へ昇格することはできない。
ライセンスの交付を審議するのは第三者機関であるクラブライセンス交付第一審機関（FIB）。判断基準は「競技」「施設」「人事体制・組織運営」「法務」「財務」の５分野56項目に分かれている。また項目はＡ（ライセンス申請に必須）、Ｂ（申請に必須だが、達成されない場合は充足方法の文書提出を科したうえで交付）、Ｃ（達成が望ましいが交付には関係しない）の３等級に分類。今回、７クラブ（長崎は条件つき交付）がＪ２ライセンスの取得に留まった理由は、「施設基準」の「Ｊ１クラブ主管公式試合を行うスタジアムの入場可能数が１万5000人以上（Ｊ２は１万人以上）」を満たしていなかったからである。
大分トリニータ（Ｊ２）とＪリーグ準加盟クラブのＶ・ファーレン長崎（JFL）は、条件つきの交付となった。Ｊ１ライセンスを取得した大分の条件は、Ｊリーグからの融資金６億円のうち未返済の３億円を10月12日までに完済すること。大分は現在、昇格プレーオフ圏内の６位だが、完済できなければ、プレーオフに参加できない。長崎はＪ２ライセンスを交付された。だが、Ｊ２への入会審査に合格しなければ、Ｊ２の最下位との入れ替え戦（JFLで２位以内に入れば進出）を勝ち上がっても、昇格することはできない。
また、FIBは18クラブに対して、指導を行ったことも発表した。指導とはクラブの経営改善を促すのが目的で、FIBが独自に行うことができる。是正通達と個別通達があり、是正通達のほうが重い指導で、クラブの経営状況に合わせて両方を出す場合もある。
＜2013シーズン クラブライセンス交付結果＞
【Ｊ１クラブライセンス】
コンサドーレ札幌
ベガルタ仙台
モンテディオ山形
鹿島アントラーズ
栃木SC
浦和レッズ
大宮アルディージャ
ジェフ千葉
柏レイソル
FC東京
東京ヴェルディ
川崎フロンターレ
横浜Ｆ・マリノス
横浜FC
湘南ベルマーレ
ヴァンフォーレ甲府
松本山雅FC
アルビレックス新潟
カターレ富山
清水エスパルス
ジュビロ磐田
名古屋グランパス
京都サンガF.C.
ガンバ大阪
セレッソ大阪
ヴィッセル神戸
ファジアーノ岡山
サンフレッチェ広島
徳島ヴォルティス
アビスパ福岡
サガン鳥栖
ロアッソ熊本
大分トリニータ ※条件つき交付（Ｊリーグからの融資金完済）
【Ｊ２クラブライセンス】
水戸ホーリーホック
ザスパ草津
ゼルビア町田FC
FC岐阜
ガイナーレ鳥取
愛媛FC
ギラヴァンツ北九州
Ｖ・ファーレン長崎 ※条件つき交付（Ｊ２昇格にはＪ２入会審査合格が必要）