2013年のＪリーグ各クラブのホーム開幕カードが22日、発表され、Ｊ２の愛媛FCは第１節で３月３日（日）にモンテディオ山形とニンジニアスタジアムで対戦することが決まった。愛媛にとっては６年連続のホーム開幕で、Ｊ昇格以来ホームでの第１節は５勝１敗と好成績を残している。山形は昨季、終盤に失速して10位だったが、一昨年まではＪ１で戦ってきたクラブ。過去の戦績も１勝８敗４分と圧倒されており、石丸清隆新監督の初陣は難敵を迎えるかたちとなった。
　愛媛は第２節は３月10日（日）もホームで松本山雅FCと対戦。第３節は３月17日（日）にアウェーでカターレ富山と当たることも決まった。今季もＪ２は原則として週末の試合は日曜開催となり、全日程は２月１日に発表される。

　今季のＪ２はFC町田ゼルビアが１年で降格し、代わってJFLからＶ・ファーレン長崎が昇格。Ｊ１から降格したヴィッセル神戸、ガンバ大阪、コンサドーレ札幌も含めた22クラブによるホーム＆アウェー方式のリーグ戦で11月24日の最終節までに全42試合を戦う。昨季同様、２位以上がＪ１に上がり、３〜６位は残り１枠の昇格をかけたプレーオフ（準決勝12月１日、決勝12月８日）が実施される（ただし、Ｊ１ライセンスが付与されていない場合は参加不可）。またJFLへの降格や入れ替え戦のシステムも継続され、下位２チームは対象となる可能性がある。