10月４日（日） ◇第２戦 （石川１勝１敗、伊勢崎球場、1,614人） 群馬ダイヤモンドペガサス ０ ＝ ０００００００００ 勝利投手 大輔（１勝０敗） 敗戦投手 堤（０勝１敗） セーブ 山崎（１Ｓ）
関西独立リーグに来季より参入予定だった三重スリーアローズが、リーグから脱退することを発表した。関西、東海地区を拠点とする新リーグを立ち上げ、来春の開幕を目指す。三重の壁矢慶一郎代表は８月より運営会社「株式会社関西・東海リーグ」の代表取締役を務めていたが辞任する。
四国・九州アイランドリーグは３日、リーグチャンピオンシップ第３戦が長崎・佐世保市野球場で行われ、高知ファイティングドッグスが３−１で長崎セインツを破って、４年ぶり２回目の年間優勝に輝いた。今季の高知は後期に７期ぶりの優勝を果たし、前期覇者・長崎とのチャンピオンシップでは第１戦、第２戦と連勝。負けなしの３勝０敗でリーグの頂点に立った。高知は24日から、ＢＣリーグ王者と今年の独立リーグ日本一をかけ、グランドチャンピオンシップを戦う。
10月３日（土） ◇BCリーグチャンピオンシップ第１戦 （群馬１勝０敗、前橋市民球場、1,413人） 石川ミリオンスターズ ２ ＝ ００００００１０１ 勝利投手 キム（１勝０敗） 敗戦投手 山下（０勝１敗） 本塁打 （石）敬洋１号ソロ
◇10月１日（木） （大阪７勝５敗、明石） 明石レッドソルジャーズ ０ ＝ ０００００００００ 勝利投手 岸（11勝８敗１Ｓ） 敗戦投手 前田（２勝５敗12Ｓ） セーブ 遠上（２勝０敗20Ｓ）
９月28日（月） （石川１勝２敗、石川県立野球場、579人） 富山サンダーバーズ ４ ＝ ０１１０２００００ 勝利投手 都（１勝０敗） 敗戦投手 萩原（０勝１敗１Ｓ） 本塁打 （石）平泉１号２ラン
徳島インディゴソックスが28日、オリックス２軍と淡路佐野運動公園野球場で交流試合を行った。２軍調整中のグレッグ・ラロッカ、濱中治らが出場したオリックス打線に、徳島は３回に１点、４回にも３点を追加される苦しい展開。５回に山本剛士のタイムリーで１点を返したものの、直後に３点を失い、結局３−12で敗れた。オリックスでは６番手に梶本達哉（元愛媛）が９回のマウンドに上がり、１回無失点で最後を締めた。
◇９月28日（月） （明石５勝６敗、舞洲） 大阪ゴールドビリケーンズ １ ＝ １００００００００ 勝利投手 福泉（７勝８敗２Ｓ） 敗戦投手 崔亨柱（１勝１敗）
９月27日（日） ◇上信越地区 （群馬１勝０敗１分、伊勢崎球場、1,204人） 新潟アルビレックスＢＣ １ ＝ ００００００００１ 勝利投手 大木（１勝０敗） 敗戦投手 谷合（０勝１敗） 本塁打 （群）山田１号ソロ
◇９月27日（日） （高知２勝、高知、643人） 長崎セインツ ４ ＝ ０２０００１０１０ ００００００ （延長15回） 勝利投手 山隈（１勝０敗） 敗戦投手 石田（０勝１敗） 本塁打 （高）古卿２号３ラン、オ１号満塁
関西独立リーグは27日、後期優勝へのマジックを１としていた首位の大阪ゴールドビリケーンズが最下位の紀州を８−６で下し、前期に続いてリーグを制した。前後期とも大阪が連覇したため、初代の年間王者を決定するリーグチャンピオンシップは開催されない。また、各独立リーグの王者が日本一を決めるグランドチャンピオンシップにも不参加を決めているため、30日の公式戦終了をもって、初年度のリーグは閉幕となる。
９月26日（土） ◇北陸地区 （富山１勝０敗、石川県立野球場、1,149人） 石川ミリオンスターズ １ ＝ １００００００００ 勝利投手 田中（１勝０敗） 敗戦投手 南（０勝１敗） 本塁打 （富）大士１号３ラン
◇９月26日（土） （高知１勝、高知、627人） 長崎セインツ １ ＝ ００００１００００ 勝利投手 吉川（１勝０敗） 敗戦投手 酒井（０勝１敗） 本塁打 （高）古卿１号２ラン
◇９月26日（土） （神戸３勝８敗１分、スカイマーク） 大阪ゴールドビリケーンズ １ ＝ ００００００００１ 勝利投手 末永（５勝10敗） 敗戦投手 岸（10勝８敗１Ｓ） 本塁打 （大）藤本２号ソロ
25日、元巨人の土井正三氏がすい臓がんのため死去した。土井氏は育英高校（兵庫）、立教大学を経て1965年に巨人に入団、名二塁手として鳴らした。打撃では強打者の長嶋茂雄氏や王貞治氏につなぐ２番打者としてチームバッティングに徹し、巨人の９連覇に大きく貢献。現役引退後は巨人のコーチ、オリックスの監督などを務めた。しかし、2007年春にすい臓がんを患い、手術後は自宅で療養していた。その年の夏、療養中の土井氏を当サイト編集長・二宮清純が訪ねた。Ｖ９時代からオリックス監督時代のイチローとのかかわりなど、土井氏が語ってくれた貴重なエピソードをここに改めて紹介するとともにご冥福をお祈りしたい。
９月24日（木） （福井２勝８敗、石川県立野球場、579人） 石川ミリオンスターズ ５ ＝ １０２０００１１０ 勝利投手 久保田（４勝５敗４Ｓ） 敗戦投手 滝口（０勝２敗） セーブ 中山（５勝７敗４Ｓ） 本塁打 （新）百瀬２号２ラン
◇９月25日（金） （大阪６勝４敗１分、紀三井寺） 紀州レンジャーズ ２ ＝ ０１０１０００００ 勝利投手 土肥（２勝０敗） 敗戦投手 吉川（１勝６敗） セーブ 遠上（２勝０敗18Ｓ）
四国・九州アイランドリーグは、最後に残っていた２試合を終了し、2009シーズン前後期の全日程を終了した。後期は高知が７期ぶりに優勝。香川は前後期とも２位に入ったものの無冠に終わり、４年連続の年間王者の夢を断たれた。前期優勝の長崎は後期は勝率５割で４位。徳島は昨年の後期から３期連続の最下位に沈んだ。2009年の年間王者をかけたリーグチャンピオンシップは長崎と高知による組み合わせで26日に高知球場（12時）で開幕する。
関西独立リーグの後期シーズンは、２位・明石が最下位・神戸とのダブルヘッダーに連敗し、自力優勝が消滅。この結果、首位の大阪ゴールドビリケーンズに後期優勝マジック２が点灯した。最短での優勝決定は26日（土）。大阪は前期も混戦の末、優勝を果たしており、後期も制すればリーグチャンピオンシップを開催することなく初代年間王者に輝く。
23日、巨人が中日を５−３で下し、Ｖ９以来、36年ぶりのリーグ３連覇を達成した。２点リードで迎えた９回表、２死一塁から中日の代打・立浪和義のライナーを三塁手・古城茂幸ががっちりとグラブに収めた瞬間、巨人の優勝が決定。原辰徳監督が現役時代の背番号と同じ８回、宙に舞った。巨人は、日本シリーズの出場権をかけてクライマックス・シリーズ第２ステージで第１ステージ勝者と対戦する。
９月23日（水） （福井３勝８敗１分、桃山野球場、1,031人） 富山サンダーバーズ ４ ＝ ００３１０００００ 勝利投手 加藤（２勝13敗１Ｓ） 敗戦投手 串田（２勝１敗） セーブ 岩井（２勝１敗８Ｓ） 本塁打 （福）坂元１号ソロ （富）上田２号ソロ
９月22日（火） （信濃４勝７敗１分、十日町市笹山野球場、830人） 新潟アルビレックスＢＣ ４ ＝ ０１００１２０００ 勝利投手 芦田（２勝３敗） 敗戦投手 柏村（０勝２敗） 本塁打 （新）青木16号ソロ
◇９月22日（火） （福岡６勝２敗、北九州、583人） 徳島インディゴソックス １ ＝ ０１０００００００ 勝利投手 森（14勝７敗） 敗戦投手 光安（５勝７敗） セーブ 角野（０勝３敗18Ｓ）
◇９月22日（火） （大阪８勝２敗１分、スカイマーク） 神戸９クルーズ ０ ＝ ０００００００００ 勝利投手 酒井（２勝０敗） 敗戦投手 吉田（０勝２敗） 本塁打 （大）長谷川１号３ラン
９月21日（月） （石川５勝５敗１分、福井フェニックススタジアム、3,748人） 福井ミラクルエレファンツ ２ ＝ ００００００００２ 勝利投手 大輔（５勝３敗） 敗戦投手 前田（８勝11敗） 本塁打 （石）敬洋６号ソロ
