24日、日本サッカー協会（JFA）は2009年１月に行われる日本代表合宿と１月20日に熊本・KKウイングスタジアムで行われるAFCアジアカップ2011予選イエメン代表戦に出場する日本代表23名を発表した。海外組やクラブワールドカップに出場したガンバ大阪からの選出はなく、DF石櫃洋祐（神戸）、MF谷口博之（川崎Ｆ）、乾貴士（Ｃ大阪）が初選出された。
９日、日本サッカー協会（JFA）は2009年日本代表スケジュールを発表し、2010年南アフリカＷ杯アジア最終予選を含む全12試合が組まれることになった。日程発表の場には犬飼基昭JFA会長、岡田武史代表監督らが出席し、それぞれ日本代表への08年での戦いへの評価や来年にむけての抱負を語った。
19日深夜、南アフリカＷ杯アジア最終予選第３戦がカタール・アルサッドスタジアムで行われ、日本代表はカタール代表に３−０で勝利した。前半18分にFW田中達也のゴールで先制すると、後半にも２得点を奪い快勝した。この勝利で勝ち点を７とし、グループ２位の座を守った。 （ドーハ） カタール代表 ０− 【得点】 [日] 田中達也（18分）、玉田圭司（46分）、田中マルクス闘莉王（68分）
13日、キリンチャレンジカップ2008が神戸・ホームズスタジアムで行われ、日本代表はシリアに３−１で勝利した。 （ホムスタ） −１ シリア代表 【得点】 [日] 長友佑都（２分）、玉田圭司（26分）、大久保嘉人（62分） [シ] アルジノ（76分）
６日、日本サッカー協会（JFA）は11月13日に神戸・ホームズスタジアムで行われる国際親善試合シリア戦と19日にカタール・ドーハで行われる南アフリカＷ杯最終予選カタール戦に出場する日本代表25名を発表した。10月15日のウズベキスタン戦では出場停止でメンバーから外れた松井大輔（サンテティエンヌ）が復帰。また、アジア王者に王手をかけたガンバ大阪からは安田理大、橋本英郎ら３選手が選出された。
15日、南アフリカＷ杯アジア最終予選第２戦が埼玉スタジアム2002で行われ、日本代表はウズベキスタン代表と対戦した。前半27分にクリアミスから先制を許すが、39分にFW玉田圭司（名古屋）のゴールで同点に追いつく。後半は日本が押し気味に試合を進めるものの、追加点を奪うことができず、ホーム初戦を白星で飾ることはできなかった。
９日、キリンチャレンジカップ2008が新潟・東北電力スタジアムで行われ、日本代表はUAE（アラブ首長国連邦）に１−１で引き分けた。 （東北電ス） 日本代表 １−１ UAE代表 【得点】 [日] 香川真司（72分） [Ｕ] Ｉ・アルハマディ（77分）
29日、日本サッカー協会（JFA）は10月９日に新潟・東北電力スタジアムで行われる国際親善試合UAE戦と15日に埼玉スタジアムで行われる南アフリカＷ杯最終予選ウズベキスタン戦に出場する日本代表26名を発表した。DF森重真人（大分）、FW岡崎慎司（清水）、興梠慎三（鹿島）、森島康仁（大分）の４名が代表に初選出され、出場停止処分の解けたFW大久保嘉人（神戸）や北京五輪組のMF香川真司（Ｃ大阪）が代表に復帰した。
６日、南アフリカＷ杯アジア最終予選の第１戦がバーレーンのナショナル・スタジアムで行われ、日本代表はバーレーン代表と対戦した。前半18分にMF中村俊輔がFKから先制し、その後も効果的に追加点をあげるが、終了間際に立て続けに失点し、３−２で辛勝した。課題の残る内容ながらも、アウェーで貴重な勝ち点３を手にした。 （バーレーン・マナマ） −２ バーレーン代表 【得点】 [日] 中村俊輔（18分）、遠藤保仁（43分）、中村憲剛（85分） [バ] サルマン・イサ（87分）、オウンゴール（88分）
ついに2010年南アフリカＷ杯への最後の戦いが始まる。６日に敵地バーレーン、マナマで行われる初戦は日本代表にとってまさに“負けられない戦い”となる。 敵地でスタートを切るのは、ホームアンドアウェー方式で行われるようになったアジア最終予選で初めての経験だ。1998年フランス大会、2006年ドイツ大会ともに初戦はホームで戦い、２戦とも勝っている。初のアウェーでのスタートで、しかも３次予選で敗れているバーレーンが相手とあって、日本は初戦からヤマ場を迎えることになった。
29日、日本サッカー協会（JFA）は先日発表した日本代表20名に加え、FW大黒将志（東京Ｖ）、DF水本裕貴（京都）、内田篤人（鹿島）の３名を招集すると発表した。日本代表は、９月６日（土）にバーレーンで行なわれるＷ杯アジア最終予選の初戦に臨む。
25日、日本サッカー協会（JFA）は９月６日（土）に行なわれるＷ杯アジア最終予選バーレーン戦に臨む日本代表20名を発表した。今年１月の代表合宿以来の代表復帰となるMF稲本潤一（フランクフルト）が選出された一方、今月20日のウルグアイ戦に先発出場したMF小野伸二（vflボーフム）は今回のメンバーから外れた。
20日、キリンチャレンジカップ2008が札幌で行われ、日本代表はウルグアイと対戦し、３−１で敗れた。 （札幌ド） 日本代表 １− 【得点】 [日] オウンゴール（48分） [ウ] セバスティアン・エグレン（55分）、イグナシオ・ゴンザレス（83分）、セバスティアン・アブレウ（89分）
14日、日本サッカー協会（JFA）はキリンチャレンジカップ2008（20日、札幌ドーム）でウルグアイ代表と対戦する日本代表メンバー19名を発表した。ドイツＷ杯以来２年２カ月ぶりに小野伸二（ボーフム）が招集され、北京五輪に出場したメンバーからは１人も選ばれなかった。
23日、日本サッカー協会（JFA）は28日から千葉で行われる合宿に参加する日本代表候補24名を発表した。代表候補初選出となった19歳の金崎夢生（大分）や岡田ジャパン初招集となる中田浩二（鹿島）らが３日間の強化合宿に参加する。
９月から2010年南アＷ杯アジア最終予選を戦う日本代表が、最終予選直前に国際親善試合を行うことが11日、発表された。「キリンチャレンジカップ2008」と銘打ち、８月20日（水）に南米のウルグアイ代表と札幌ドームで対戦する。
2011年１月に開催されるアジア杯ドーハ大会の予選組み合わせ抽選会が、３日にカタールで開催された。グループAに入った日本代表（FIFAランキング34位）は、バーレーン（同72位）、香港（同120位）、イエメン（同143位）と同組になった。アジア杯予選は2009年１月から2010年３月にかけてホーム＆アウェー方式の計６試合で争われ、グループ２位以上で本大会出場が決まる。
2010年南アフリカＷ杯に向けたアジア最終予選の組み合わせ抽選会が、27日夕方にマレーシア・クアラルンプールで行われた。日本代表はグループＡに入り、オーストラリア（ＦＩＦＡランキング35位）、バーレーン（同72位）、ウズベキスタン（同58位）、カタール（同83位）と同組になった。同予選はホーム＆アウェーで計８試合が行われ、上位２チームが南アフリカへの切符を手にする。
南アフリカＷ杯３次予選グループ２最終戦が、埼玉スタジアム2002で行われ、日本代表はバーレーン代表と対戦し、１−０で勝利した。試合終了間際の後半45分、DF内田篤人がヘッドで前線に高く送ったボールがワンバウンドして相手GKの頭上を破った。日本はバーレーンを抜いてグループ首位で９月からの最終予選に進出する。 （日本・埼玉） −０ バーレーン代表 【得点】 [日] 内田篤人（90分）
日本代表は14日に行われたアウェーでのタイ戦を快勝し、W杯アジア最終予選進出を決めた。日本は現在勝ち点10で首位のバーレーン（勝ち点11）を追い上げている。だが、３次予選でのグループ内順位は次ラウンドの組み合わせには影響されない。そのため、22日に行われる３次予選最終戦のバーレーン戦は、実質的には消化試合となる。
19日、日本サッカー協会（JFA）は、大久保嘉人（神戸）へ国際サッカー連盟（FIFA）から３試合の出場停止処分が科されたことを発表した。これを受けて代表招集されている22日のW杯アジア３次予選対バーレーン戦に出場できなくなった。
16日、日本サッカー協会（JFA）は6月22日（日）に埼玉スタジアムで行われるＷ杯アジア3次予選バーレーン戦に臨む日本代表25名を発表した。2007年12月に岡田武史監督が就任して以降初の招集となるFW佐藤寿人（広島）や、ケガで戦列を離れていたDF安田理大（G大阪）、U−23代表の本田圭祐（VVVフェンロ）が新たに選出された。
南アフリカＷ杯３次予選グループ２第５戦が、タイのラジャマンガラスタジアムで行われ、日本代表はタイ代表に３−０と快勝して最終予選進出を決めた。日本は前半23分、コーナーキックからDF田中マルクス闘莉王のヘディングシュートで先制。38分にもコーナーキックからDF中澤佑二が頭で押し込み、２点を先行する。後半はタイの反撃に苦しむ時間帯もあったが、88分にMF中村憲剛がゴールを決めてダメを押した。 （タイ・バンコク） タイ代表 ０− 【得点】 [日] 田中マルクス闘莉王（23分）、中澤佑二（39分）、中村憲剛（88分）
アウェーでのオマーン戦。日本は前半開始早々に先制点を許したが、その後MF遠藤保仁（Ｇ大阪）のPKでなんとか勝ち点１をものにした。「ゲームは支配していた。チャンスはできていた」という試合後の指揮官の言葉通り、ポゼッションを意識したサッカーを展開したが最後までオマーンの守備を崩すことはできなかった。
11日、北京五輪に出場するU-23日本代表は国際親善試合でU-23カメルーン代表と対戦した。日本は前半はFW森本貴幸（カターニア）、後半はFW李忠成（柏）、MF水野晃樹（セルティック）らがゴールに迫ったが、両チーム無得点のまま、試合は引き分けに終わった。 （日本・国立） U-23日本代表 ０−０ U-23カメルーン日本代表
